Individuali mityba ligų prevencijai – INDfood Lab

Labortaorijos tyrėjų pagrindinė veikla biotransformavimo technologijų kūrimas ir vystymas įvairių medžiagų funkcinio potencialo didinimui (komercializavimas). Mokslo laboratorijos tyrėjų ypatingas dėmesys skiriamas kuriant ir apibūdinant inovatyvius produktus, skirtus žmogaus mikrobiotos ekosistemos modifikavimui.

Apsilankykite

INDfood LAB

Tyrimuose numatyta taikyti vieną iš reprezentatyviausių in vitro technologijų – SHIME (žmogaus žarnyno mikrobinės ekosistemos simuliatorius) modelį, skirtą kompleksiniam virškinamojo trakto fiziologinių, cheminių ir mikrobiologinių savybių modeliavimui. SHIME® gali būti laikomas klinikiniu tyrimu in vitro, galintis suteikti žinių ir įrodymų apie konkretaus gydymo veikimo mechanizmą ir papildomų duomenų in vivo tyrimams. Biomedžiagų funkcionalumo tyrimams bus naudojami šiuolaikiški molekuliniai metodai atliekami turima naujos kartos sekoskaitos ION5 Sequencing bei QuantStudio Absolute Q Digital-PCR-System įrangomis.

Paslaugos

Virškinimo tyrimai Twin SHIME sistema.
Atliekami ilgalaikiai in vitro virškinimo tyrimai imituojant realias sąlygas vykstančias žmogaus žarnyne: palaikomas skirtingas pH atskirose imituojamo žarnyno dalyse, palaikoma temperatūra, anaerobinės sąlygos. Imami mėginiai iš skirtingų imituojamo virškinimo sistemos dalių, kuriuose tiriama: mikrobiotos pokyčiai (galimi pačiame lumene ir/arba mucino sluoksnyje), trumpos riebalų rūgštys, amino rūgštys, maistinių medžiagų atpalaidavimas. Tyrimo trukmė 6-12 savaičių.

Virškinimo tyrimai Triple SHIME sistema.
Atliekami ilgalaikiai in vitro virškinimo tyrimai imituojant realias sąlygas vykstančias žmogaus žarnyne: palaikomas skirtingas pH atskirose imituojamo žarnyno dalyse, palaikoma temperatūra, anaerobinės sąlygos. Imami mėginiai iš skirtingų imituojamo virškinimo sistemos dalių, kuriuose tiriama: mikrobiotos pokyčiai, trumpos riebalų rūgštys, amino rūgštys, maistinių medžiagų atpalaidavimas. Tyrimo trukmė 24–72 valandos.

DNR ar RNR sekoskaita (mėginių skaičius nuo 20 iki 90).
Sekoskaita atliekama naujos kartos sekvenatoriumi Ion GeneStudio S5. Galima sekvenuoti nuo 200 iki 600 bp atliekant nuo 2M iki 80M nuskaitymų. Sekvenavimui naudojami Ion 510 &520 &530 reagentų rinkiniai ir Ion 520, 520,530 ar 540 lustai.

Mėginių bibliotekos paruošimas NGS 16S sekoskaitai.
Iš mėginio atliekamas DNR išskyrimas ir nustatoma koncentracija. Taikant pagausinimus atliekamas variabilių 16S RNR regionų pagausinimas ir priskiriamas komercinis numeris (naudojamas Ion Xpress Barcode adapters rinkiniai). DNR sekoskaitos bibliotekos ruošiamos naudojant Ion 16S Metagenomic ir Ion Plus Fragment Library rinkinius. Atliekamas mėginių apjungimas sekoskaitos analizei (jei reikia).

Mikroorganizmų (ar kitų ląstelių DNR) skaičiaus nustatymas skaitmeniniu PGR.
Mikroorganizmų DNR kopijų skaičiaus nustatymas atliekamas Quant Studio Absolute skaitmeniniu PGR. Šiuo metu turimi pradmenis ir zondus skirtus šių genčių Lactobacillus, Bacteroides, Clostridium, Prevotella, Bifidobacterium ir Enterobacter mikroorganizmų DNR kopijų skaičiaus nustatymui.

Mikroorganizmų DNR išskyrimas.
Iš turimo mėginio išskiriamas DNR naudojant PureLink Microbiome DNA Purification rinkinį.